祖師廟坐落在三峽鎮市區中心，奉祀的主神「祖師公」陳昭應，相傳是我國民族英雄。但最近有信徒到大陸福建省泉州安溪祖師公廟朝拜，並攜回資料，發現清水祖師公的史料有異，安溪的祖師公是一位懸壺濟世勸化世人的僧人，看來有關清水祖師公的記載，有賴詳加考證。

　　三峽鎮清水祖師廟的興建，應追溯到乾隆卅四年，早年的祖師廟只是一座簡陋的庵堂，當時稱之為「長幅巖」。道光十三年（西元一八三三年）本省北部發生大地震，長福巖部份被震毀，信徒募捐集資重建，蓋起較具規模的廟宇。

　　甲午戰爭之後，光緒廿一年五月，日軍登陸占據台灣，三峽鎮民本著祖師公陳昭應在世時鼓吹的民族精神，以長福巖作為抵抗日軍的大本營，經過數次激戰，日軍死傷慘重。日軍因遭到強烈的抵抗而震怒，調派大軍攻打三峽，並放火燒毀長福巖，但神像未遭波及，信徒暗中將神像遷到三峽近郊的蘇姓公厝（今溪南里）安置。光緒廿五年，地方人士再度募捐，於原址重建廟宇，並迎回祖師公神像奉祀。

　　台灣光復後，地方人士鑑於祖師廟年久失修，鎮民及信徒倡議重建大廟，民國卅六年經地方耆宿陳炳俊、劉鉅篆、李梅樹等多人發起，於當年七月二日動工，這一重建花了四十多年，才在三年前舉行「慶成建醮」大典，盛況空前。

　　祖師廟的重建，自民國卅六年開始以來，已故旅日美術家李梅樹教授就獲推舉，負責重建工程的美術設計及工程指導。由於李梅樹是本省著名的油畫家，對祖師廟重建非常講究、細心，從門前的石獅、石鼓至一樑一柱，都經過他匠心獨運，李梅樹本著寧缺勿濫的謹慎態度，把後半生心血全投注於祖師廟重建工程，精雕細琢的二十對龍柱及刻有百鳥齊鳴的石柱，無一不令觀者嘆賞，而且整座廟宇未使用一根鐵釘，建築之精美，聞名遐邇，對三峽鎮發展觀光事業，也有很大的貢獻。

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